Post-doc : mécanismes d’organisation tridimensionnelle du génome (Gif-sur-Yvette) (H/F)

 
Published
WorkplaceParis, Ile-de-France, France
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Position
Centre National de la Recherche Scientifique

Post-doc : mécanismes d’organisation tridimensionnelle du génome (Gif-sur-Yvette) (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 21 juillet 2022

Informations générales

Référence : UMR9198-DANNOO-001
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : jeudi 30 juin 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d’embauche prévue : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2743-3896¤ bruts mensuels selon expérience
Niveau d’études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

La mission s’intègre à un projet de recherche de l’équipe Dynamique de la Chromatine portant sur les mécanismes qui gèrent la dynamique de la chromatine. Le projet est financé par un soutien ANR international (projet « TADwalker » : ?url=https%3A%2F%2Fanr.fr%2FProject-ANR-21-CE12-0034&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">?url=https%3A%2F%2Fanr.fr%2FProject-ANR-21-CE12-0034&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">https://anr.fr/Project-ANR-21-CE12-0034), en collaboration avec l’équipe "Spatial Regulation of the Genome" à l’Université de Pennsylvania (Etats-Unis).

L’objectif de la personne recrutée en qualité de post-doc pour une durée d’un an, avec possibilité de prolongation, est d’effectuer une caractérisation moléculaire des frontières des domaines chromosomiques (« TAD ») et leur hétérogénéité d’une cellule à l’autre en utilisant du séquençage à molécule unique (Oxford Nanopore Sequencing) et de l’imagerie à super-résolution.

Une description détaillée du projet est disponible à : ?url=https%3A%2F%2Fwww.dropbox.com%2Fs%2Fmygyjaqjfwx0s9b%2FPostdoc-NanoC.pdf&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">?url=https%3A%2F%2Fwww.dropbox.com%2Fs%2Fmygyjaqjfwx0s9b%2FPostdoc-NanoC.pdf&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">https://www.dropbox.com/s/mygyjaqjfwx0s9b/Postdoc-NanoC.pdf

Activités

- Réaliser des expériences « Nano-C » et « DNA oligopainting » pour faire une caractérisation moléculaire des frontières des TAD.
  • Réaliser des expériences ChIP-seq/Cut&Tag et Capture Hi-C, en utilisant des protocoles couramment utilisés dans l’équipe.
  • Maintenir des cellules souches embryonnaires de souris en culture et réaliser des expériences d’édition de leur génome.
  • Appliquer les principes et règles d’hygiène et de sécurité lors du travail expérimental.
  • Collaborer avec les autres membres du consortium dans le cadre du projet, mais aussi avec les membres de l’équipe et du laboratoire travaillant sur des sujets connexes.
  • Exploiter et présenter les résultats des analyses, en garantir leur qualité et reproductivité.
  • Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine scientifique.
  • Participer à la diffusion des résultats sous forme de présentations orales et de publications.

Compétences

Savoir :
  • Niveau PhD en biologie moléculaire ou biochimie de la chromatine.
  • Des connaissances approfondies en épigénétique et chromatine.
  • Des connaissances en génomique, séquençage de type Oxford Nanopore, l’imagerie et/ou l’analyse des données génomiques est un plus.

Savoir-faire :
  • Excellente maîtrise des techniques de biologie moléculaire et de biochimie de la chromatine.
  • Expérience en culture de cellules eucaryotes. Une expérience dans l’édition des génomes eucaryotes (CRISPR-Cas9) est un plus.
  • Expérience en préparation de banques de séquençage (e.g. ChIP-seq, Hi-C, etc).
  • Expérience en l’optimisation de protocoles expérimentaux.
  • Excellente maîtrise de la gestion et de l’analyse des données expérimentales et bonne maitrise de logiciels diverses de traitement de données (e.g. R, Excel, ImageJ).
  • Être habitué à produire des comptes-rendus et présenter des résultats en réunion d’équipe.
  • Très bon niveau en Anglais.

Savoir-être :
  • Rigueur expérimentale.
  • Excellent sens de l’organisation.
  • Autonomie dans la planification et la gestion des expériences.
  • Capacité de raisonnement analytique et scientifique.
    - Aisance relationnelle et à travailler en équipe.

Contexte de travail

La personne recrutée travaille dans l’équipe Dynamique de la Chromatine à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC). L’I2BC est une grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay. L’unité a un effectif de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 59 équipes de recherche, 15 plateformes technologiques de haut niveau (séquençage à haut débit, imagerie) et 11 services supports et soutiens. Faisant partie de l’Université Paris-Saclay, l’institut est entièrement immergé dans l’environnement de recherche interdisciplinaire et l’infrastructure de cette institution de classe mondiale.
L’I2BC est situé à Gif-sur-Yvette, dans la verte Vallée de Chevreuse, à 20 km au sud de Paris. Gif-sur-Yvette bénéficie d’une liaison directe en RER avec Paris (30 minutes).

Site web I2BC : ?url=https%3A%2F%2Fwww.i2bc.paris-saclay.fr%2F&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">?url=https%3A%2F%2Fwww.i2bc.paris-saclay.fr%2F&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">https://www.i2bc.paris-saclay.fr/

L’équipe est composée de 7 personnes, possédant à la fois une expertise en laboratoire et en biologie computationnelle. L’équipe a un accès direct aux technologies et infrastructures de pointe en génomique (Oxford Nanopore MinION et GridION, Illumina Next-seq 2000), en imagerie (plate-forme d’imagerie I2BC) et de calcul I2BC (calcul CPU et GPU).

Site web de l’équipe : ?url=https%3A%2F%2Fwww.i2bc.paris-saclay.fr%2Fequipe-chromatin-dynamics%2F&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">?url=https%3A%2F%2Fwww.i2bc.paris-saclay.fr%2Fequipe-chromatin-dynamics%2F&module=jobs&id=2322236" target="_blank" rel="nofollow">https://www.i2bc.paris-saclay.fr/equipe-chromatin-dynamics/

Contraintes et risques

Aucune contrainte ou risque particulier. Un travail ponctuel sur site le week-end pourra s’avérer nécessaire (culture cellulaire). Une visite potentielle de plusieurs semaines à l’Université de Pennsylvanie peut être incluse (sous réserve de l’approbation du visa).

Informations complémentaires

Le poste est disponible à partir du 1er octobre 2022. Le contrat initiale sera de 12 mois et est renouvelable pour 12 mois supplémentaires. Les candidats seront activement soutenus dans leurs demandes de financement supplémentaire.
In your application, please refer to myScience.org and reference JobID 2322236.